上海音乐学院民族音乐系在贺绿汀院长加强民族音乐教育、培养民族音乐人才思想的指导下，于1956年正式建立。这是国内高等院校中最早设立的民族音乐专业学科。当时设民族音乐理论、民族乐队指导、戏曲音乐及民族器乐演奏四大专业。著名民族音乐理论家、教育家沈知白教授担任首任系主任，著名琵琶演奏家、教育家卫仲乐教授任副系主任。现任系主任刘灏教授。
民族音乐系曾汇聚了中国音乐界的诸多大家，如：沈知白、卫仲乐、陆修棠、孙裕德、王巽之、高厚永、于会泳、龙榆生、胡登跳、王乙、金祖礼、陈俊英，陆春龄、何占豪等，也培养了许多当代中国音乐的名家大师，如：闵惠芬、李民雄、陈应时、江明惇、刘国杰、夏飞云、王昌元、项斯华、杨青、阎惠昌、刘英等。为传承、研究、发展中国音乐做出了巨大贡献。
民族音乐系师资力量雄厚，是我国最早的中国器乐演奏艺术硕士学位授予点。建系以来，在器乐演奏，创作、理论研究、教学等方面都取得了令人瞩目的重要成就，在中国音乐的各个领域多有建树，许多师生在专业比赛中获得各类奖项。民族音乐系现有12名正教授（包含1名外籍教授）和7名副教授。民族音乐系具有优良的学术传统和开放的办学理念，在师资队伍建设、课程设置、人才培养、教学管理等方面都逐渐形成了独特的优势和强势，多门学科专业都处于国内外先进水平。形成以本科生为主体、以硕士、博士研究生为重点的包括继续教育、港澳台学生以及外国留学生等在内的多种层次教育框架。
上海音乐学院民族管弦乐团以及多种组合形式的室内乐团（队）在国内外重要演出和比赛中，屡获殊荣。
现有本科专业设置：
目前设有音乐表演（中国乐器演奏）专业，共有以下十三个专业方向：
笛、笙、唢呐、扬琴、柳琴、中阮、琵琶、筝、古琴、二胡、板胡、大提琴、低音提琴
以及非遗民族乐器传承六个专业方向：
孙文明二胡、浙派古筝、瀛洲古调派琵琶、浦东派琵琶、广陵派古琴、竹笛艺术
现有硕士研究方向：
目前设有民族管弦乐表演及民族乐队学院两个专业，共有以下十一个研究方向：
唢呐、笛子、笙、二胡、板胡、扬琴、古筝、琵琶、柳琴、中阮、古琴。
现有博士研究方向：
目前设有民族器乐表演艺术专业，共有以下七个研究方向：
唢呐、竹笛、柳琴/阮、琵琶、古筝、古琴、二胡/板胡。
民族音乐系现有教研室：
弹拨教研室，拉弦教研室，吹管教研室，重合奏教研室，艺术辅导教研室。
民族音乐系现任领导及办公室成员：
系主任、党总支副书记：刘灏
党总支副书记（主持工作）：周菲
党总支副书记：高木梓
辅导员：高木梓、王晗
教学秘书：苏嘉伟、廖骅
